Fondată în 495, cu sprijinul împăratului Xiao Wen-di (Din Nadiai Wei), un călugăr budist indian pe nume Bhadra (Bato 跋陀 Bátuó, Buddhabhadra). În anii '30, primul patriarh al budismului Ch'an Bodhidharma (Putidamo, Damo) a rămas la mănăstire. Călugărul indian Bodhidharma a dat calugarilor din Shaolin o metodă care a schimbat radical cursul practicii lor budiste. Împreună cu aceasta, ei au primit modalități de a îmbunătăți meditația și de a menține sănătatea fizică.
În 620, 13 călugări Shaolin l-au ajutat pe Li Shimin (李世民. 599-649) să se odihnească pe tron, iar mănăstirea a primit cea mai mare permisiune de a menține o armată monahală. Astfel, Shaolin a fost piatra de temelie în restaurarea dinastiei și a devenit faimos ca centru al artelor marțiale.
În 1928, comandantul militar Shi Yusan a dat foc la mănăstirea Shaolin. Surse unice scrise au fost distruse, de exemplu, cum ar fi tratatul Zhang Sanfenga, considerat sursa lui Taijiquan. În acel moment nu mai erau stăpâni în templu. Mai târziu, fiul domnului Ji Qin, Shanlin va fi invitat să se întoarcă pentru a revigora cultura originală și cunoașterea tradițională a lui Shaolin. La acea vreme a rămas în mănăstire și a învățat călugării timp de trei ani. Astfel, ultimii maeștri ai lui Shaolin și-au primit cunoștințele de la el.
Datorită faptului că mănăstirea se afla în ruine aproape o jumătate de secol, au existat probleme cu revenirea mănăstirii a tradițiilor sale (de exemplu, după al doilea război mondial pe ruinele mănăstirii a trăit numai șapte călugări, dintre care doar trei au fost familiarizați cu artele marțiale Shaolin). Prin urmare, autoritățile chineze au atras de o renaștere a mănăstirii mulți maeștri populare de arte martiale, oarecum familiarizat cu tradiția Shaolin.
După lansarea în 1982 pe ecrane filmul „Templul Shaolin“ în China, un val de popularitate a Mănăstirii Shaolin și este o mulțime de noi începători tineri, care practică cu sinceritate și de a studia budismul.
În 1986 mănăstirea a fost aprobat oficial Sinchzhen (numele laic - Lee Taybao), care din 1951 voluntar a exercitat funcția custodele mănăstirii, dar a murit în 1987.
După moartea sa, votul universal al comunității Ch'an-budist Shi Yongxing a fost confirmat ca rector al mănăstirii Songshan Shaolin.
Multe școli de arte marțiale datează de la Shaolin. Printre școli care pretind legătura lor spirituală cu Shaolin, școala chineză Shaolin Chuan și japonezul Shorinji-kempo sunt cunoscute.
Popularitatea lui Shaolin în cultura populară a dus la faptul că mănăstirea sa extins foarte mult, fonduri mari au fost investite în îmbunătățirea regiunii și a industriei turismului. În mănăstire și în jurul acestuia există un număr mare de școli comerciale de arte marțiale destinate turiștilor străini.