Al treilea obiect, selectat de Institutul Marduk, este al treilea copil. El este timid, necomunicat, se îndoiește de valoarea vieții sale, obișnuia să fie singur și, căzând într-o depresie, poate să fugă de acasă și să trăiască pe stradă, petrecând noaptea într-un cinematograf. Din moment ce este respins de tatăl său, el se consideră inutil pentru oricine. Practic nu are prieteni (doar două prieteni de la școală sunt difuzate în spectacol - Kensuke Aida și Toji Suzuhara). Munca sa ca pilot Shinji nu-i place și de două ori pentru spectacol încearcă să părăsească scaunul pilotului. Nu-i pasă de necesitatea de a apăra omenirea în mod indiferent. Deci, în prima serie, în plus față de el, nu era nimeni care să apere orașul cetate Tokyo-3, dar Shinji refuză să-pilot Evangelion, atâta timp cât există riscul ca acesta va fi pus în aplicare răniți grav Rei Ayanami. Primul copil. Timp liber Shinji se umple cu violoncelul și asculta playerul. În special, el ascultă jucătorul, fiind deprimat. De asemenea, el este un bucătar bun și fără nici o pregătire are o sincronicitate ideală cu Rey acolo, unde sincronizarea cu Al doilea copil Asuka durează o săptămână.
În ciuda atitudinii sale față de muncă, Shinji are abilități unice pentru pilotare. Chiar și Ray Ayanami a avut șapte luni pentru a se sincroniza cu Eva, iar Shinji fără nici o pregătire ajunge la 41,3% din sincronizare. Ulterior, Shinji depășește Asuka în sincronizare de câteva luni. în ciuda faptului că anterior a avut cel mai înalt nivel de sincronizare între piloți și a fost instruit timp de 10 ani. Îngerii manifestă un interes deosebit pentru el. Deci, Gagiil ignora embrionul primului înger, Adam și Eva, 02, în timp ce ei au fost în Germania, a atacat flota, acestea sunt transportate atunci când nava a sosit, Shinji. Bard, care a adus în jos battleworthy Eva 00 și 02 pentru câteva secunde, Shinji înecat Eva pentru o opune rezistență timp care este suficient de Shinji Gendo afară pentru a discuta despre necesitatea de a combate Bardiilom și a activa manechinul, care este ulterior distrus îngerul. Zeruil, care a eliminat Eve-00 și 02 cu o singură lovitură, a încercat să spargă nucleul lui Eva-01 suficient timp pentru a activa berserkerul.
În cele din urmă, ultimul Înger, Kaoru Nagisa, a susținut că s-ar fi născut să-l întâlnească pe Shinji.
Mai aproape de sfârșitul seriei, el, ca Ray. devine un nou organism. După cum explică expertul NERV, Ritsuko Akagi. o dată în cursul bătăliei a fost absorbită Shinji Evangelion-01, ceea ce a rămas din corpul lui Shinji este într-o formă dizolvată în interiorul dopului de intrare Evangelion, și nu locuiește sufletul. Pentru a salva Shinji, se face o încercare de a restabili corpul și de ao conecta cu sufletul. Cu toate acestea, conținutul capsulei de salvare vărsat pe podea și, prin urmare, precipita de la unele subsuprafața Evangelion Shinji nu are nici un corp original și copie generat de Eva. Astfel, aceste două înainte de „End of Evangelion“ finale, în cazul în care toți oamenii își pierd corpurile lor și apoi a obține posibilitatea de a obține noi personaje sunt singurii supraviețuitori ai reîncarnare.