Dezvoltarea relațiilor de mărfuri-bani în orașele europene din secolele XII și XII a determinat creșterea orașelor. Educația a devenit mai obișnuită și, odată cu aceasta, a apărut libertatea. Țăranii au început să lupte împotriva clasei feudale de guvernământ, și de multe ori luptele lor pus pe ideologie, pe care biserica a considerat ostil. În această perioadă a început prima criză a catolicismului.
Vaticanul a încercat să o depășească, făcând schimbări semnificative și realizând o actualizare ideologică. Au existat ordine de călugări mendicanți, iar doctrina, compusă de Thomas Aquinas și oferind armonie între minte și credință, a fost acceptată ca doctrină principală a bisericii. În acel moment a început lupta împotriva ereziei, a cărei conduită a fost creată Inchiziția, în Evul Mediu această organizație a devenit forța pe care cea mai mare parte a populației din țările catolice s-au temut.
Activitățile sale au avut loc la sfârșitul secolului al XII-lea. În 1184, Papa Lucius III a emis un ordin tuturor episcopilor să găsească eretici, să stabilească vinovăția lor, și să transmită puterea seculară, care a fost de a efectua pedeapsa. În 1215, o mărturisire a fost făcută obligatorie pentru toți cei care au refuzat să treacă prin ea, au fost excomunicați, și de multe ori nu supraviețuiesc. Citirea Bibliei a fost interzisă pentru cetățenii obișnuiți, interpretarea scripturilor a rămas prerogativa bisericilor. Cetățeni simpli, zeloși ai credinței, uniți în organizații angajate în căutarea ereticilor. Din 1227, activitățile Inchiziției s-au desfășurat la viteză maximă. Unul dintre cei mai groaznici anchetatori din istorie a fost Thomas Torquemada, care a fost activ în Spania. Când a devenit o execuție publică a ereticilor, iar codul a fost creat, definirea drepturilor și funcțiilor, precum și la începutul procedurii judiciare inchizitoriale.
De-a lungul timpului, inchizitorii au început să dea vina unui număr din ce în ce mai mare de oameni pentru erezie. O atenție deosebită a fost acordată femeilor. Mulți dintre ei au fost acuzați de vrăjitorie, femeia miza ar putea primi, chiar dacă doar remarcat aspectul sau comportamentul mulțimii. Orice om ar putea explica pasiunea lor pentru o anumită femeie farmece și vrăjitorie, care a lansat o luptă împotriva inchizitorilor. Astfel, Inchiziția în Evul Mediu, a ucis un număr mare de oameni, și a fost făcut pentru a consolida puterea Bisericii asupra lumii catolice, care este că, în timp, încă pierdut.