Interacțiunea ADN-ului cu histone. Principalii aminoacizi ai histonei (în figură prezentată în albastru) interacționează cu grupele acide de fosfat de ADN (culoare roșie).
Cea mai mare parte a cromatinei este alcătuită din proteine histone. Histoanele sunt o componentă a nucleozomului, - structurile supramoleculare implicate în ambalarea cromozomilor. Nucleozomii sunt localizați destul de regulat, astfel încât structura rezultată seamănă cu margelele. Nucleozomul constă din patru tipuri de proteine: H2A, H2B, H3 și H4. Fiecare nucleozom conține două proteine de fiecare tip, opt proteine în total. Histonul H1, mai mare decât alte histone, se leagă de ADN la locul intrării sale pe nucleozom.
O catenă de ADN cu nucleozomi formează o structură neregulată, asemănătoare solenoidului, cu o grosime de aproximativ 30 nanometri. așa-numitul fibrină de 30 nm. Împachetarea suplimentară a acestui fibril poate avea o densitate diferită. Dacă cromatina este împachetată bine, se numește condensată sau heterochromatină. este clar vizibil sub microscop. ADN-ul găsit în heterochromatin nu este transcris. de obicei, această stare este tipică pentru site-uri nesemnificative sau silențioase. În interfaza, heterochromatina este de obicei localizată de-a lungul periferiei nucleului (heterochromatin parietal). Condensarea completă a cromozomilor are loc înainte de diviziunea celulară. Dacă cromatina nu este împachetată bine, se numește eu sau interchromatin. Acest tip de cromatină este mult mai puțin dens când este observat sub microscop și este caracterizat, de obicei, prin prezența activității transcripționale. Densitatea ambalării cromatinei este în mare măsură determinată de modificările histonei - acetilarea și fosforilarea
Se crede că în nucleu există așa-numitele domenii funcționale ale cromatinei (ADN-ul unui domeniu conține aproximativ 30.000 de perechi de baze), adică fiecare regiune a cromozomului are propriul său "teritoriu". Din păcate, problema distribuției spațiale a cromatinei în nucleu nu a fost încă studiată suficient. Se știe că regiunile telomerice (terminale) și centromerice (responsabile de legarea cromatidelor sora în mitoză) sunt fixate pe proteinele laminei nucleare.