A doua republică și al doilea război mondial: 1938-1945.
La sfârșitul anului 1943, când o ofensivă majoră a Armatei Roșii a început pe frontul sovieto-german, Cehoslovacia a semnat un acord cu URSS pentru o perioadă de 20 de ani. Acesta a reafirmat Tratatul din 1935 privind asistența reciprocă în cazul agresiunii din partea Germaniei. De asemenea, părțile s-au angajat să respecte independența și să nu interfereze în afacerile interne ale fiecăruia.
A treia republică: 1945-1948.
Granițele din Cehoslovacia de dinainte de război au fost restaurate și chiar și mai puțin extinse pe cheltuiala Ungariei, dar Ucraina Transcarpatia trebuia să cedeze Uniunii Sovietice. Problema minorității germane a fost rezolvată de evacuarea în masă a germanilor suedezi. A existat un schimb de populație între Slovacia și Ungaria.
În Cehoslovacia, după exemplul Uniunii Sovietice, s-au desfășurat curățiri și demonstrații. Masaryk și Benes au fost expuși ca "deghizați ai imperialismului occidental". Îndepărtarea pe scară largă a CPC (1950-1952) a ajuns la punctul culminant când secretarul general al Partidului Comunist din Republica Cehă, Rudolf Slansky, a fost condamnat și executat.
Expunerea cultului lui Stalin a fost continuată în 1962-1963. Comuniștii care au suferit represalii în epoca lui Stalin, precum Vladimir Clementis și Rudolf Slansky, au fost reabilitați postum, a respins premierul Shiroky, postul său fiind preluat de Josef Lenart. Pentru a elimina "metodele birocratice", în cadrul HRC au fost înființate patru comisii speciale. Relațiile au fost normalizate cu Biserica Catolică și Vatican, Josef Beran, Arhiepiscop de Praga și câțiva alți preoți au fost eliberați din custodie.