În condițiile societăților sacre, viața spirituală a unei persoane a fost formată în întregime pe baza uneia sau a altei religii. Și problema conștiinței era o problemă exclusiv religioasă. Prin urmare, istoric problema libertății de conștiință a apărut ca dreptul omului de a alege una sau alta religie, pe baza cărora el ar putea forma principiile lor morale. Astfel, inițial, libertatea conștiinței a însemnat libertatea religiei. Lupta pentru această libertate pentru o lungă perioadă de timp a trebuit să conducă oamenii prinși pentru orice motiv sub conducerea poporului, structurile de stat, de a impune acestora, alta decât o religie străină. O astfel de luptă, de exemplu, a fost condusă de evrei, când teritoriul lor a fost cucerit de romani. Creștinismul din Imperiul Roman a fost inițial interzis. Și creștinii, dacă nu renunță la credința lor, au fost persecutați. Primii gânditori creștini - apologeți apărat dreptul pentru suporterii lor de a practica creștinismul la egalitate cu alte religii.
Ideologia Renașterii ca unul dintre principiile sale importante conținea principiul toleranței religioase. Atitudinea practică a acestor principii a început în epoca Reformei. Celebrele 95 de teze ale lui Martin Luther deja conținut în esență, principiul libertății de conștiință, libertatea religioasă ca o alegere, difuzarea neîngrădită a Scripturii, liber predicare, libertatea de uniuni religioase. Principiul libertății de conștiință a primit îndreptățirea și dezvoltarea teoretică în lucrările filosofilor moderni. Filosoful englez John Locke, în scrisorile sale despre toleranță, a prezentat cererea de separare a bisericii de stat. În opinia sa, statul ar trebui să dea oamenilor dreptul la autodeterminare religioasă, nu ar trebui să priveze cetățenii drepturile civile și politice, în funcție de apartenența specifică a unei religii. gânditor franceză Voltaire FM în 1763 a declarat că libertatea de conștiință este un drept pe care omul a primit de la natură și nimeni nu-l poate forța în materie de credință. Toată lumea ar trebui să li se permită să se roage în felul lor, fiecare are dreptul de a profesa o anumită credință în acord numai cu conștiința lor. Aceste idei au fost adoptate în "Declarația drepturilor omului și a cetățenilor" (1794). Acesta a constituit baza legislației epocii de stat francez de revoluții burgheze, precum și în Constituția Statelor Unite (1787) și Bill americană a drepturilor (1794).
Rusia, ulterior, în alte țări ale Europei, a mers la recunoașterea principiului libertății de conștiință a religiei. „Codul de legi al Imperiului Rus“, publicat în 1875, toate religiile din țară au fost împărțite în trei grupe: statul (confesiune ortodoxă). tolerante (catolic, protestant, Armeană Gregorian Biserica, islamul, budismul, iudaismul, păgânismul) și Intoleranței ( "sectă" - Doukhobors, molocanii, iudaizatoare, fameni iconoclaști). În „Codul Penal“ un tip special de crimă împotriva statului a anunțat deturnarea și abuzul de ortodoxie la o altă religie, împiedicând educația copiilor în ortodocși sau răspândirea credința creștină a ereziilor și schismelor. Pentru cei responsabili pentru aceste crime au folosit un întreg sistem de măsuri punitive, inclusiv silnică și exil în Siberia. Statul nu a recunoscut deloc starea de exagerare. În 1894, printre religiile interzise pe locul și așa-numitele „Stundists“ - numele rus de baptiști și evanghelici. Religia lor a fost declarată dăunătoare, iar întâlnirile lor de rugăciune sunt interzise.
Declarația privind libertatea conștiinței în URSS a fost în mare parte o declarație. A fost proclamată de toate constituțiile statului sovietic, iar actele juridice adoptate în plus față de constituții limitate în mod considerabil posibilitățile reale ale organizațiilor religioase, conțineau numeroase interdicții. Contrar garanțiilor constituționale, statul a intervenit în afacerile interne ale organizațiilor religioase, a căutat să împingă cetățenii credincioși la periferia vieții publice. În practică, existau restricții mari asupra diferitelor forme de activitate pentru persoanele religioase, activiștii religioși. Pentru ei, posibilitatea unei cariere în organizațiile de conducere, în armată, în sistemul de învățământ, în domeniul sănătății a fost practic închisă. După cum spun istoricii-cercetători ai perioadei sovietice a societății ruse, așa-numitul ateism de stat a fost realizat în ideologia și practica statului sovietic. Cu toate acestea, oferind o evaluare negativă a practicii realizării libertății de conștiință în URSS, trebuie să recunoaștem valoarea pozitivă a noii interpretări a principiului libertății conștiinței, care a fost declarat în documente oficiale. Această interpretare a fost consolidată ulterior într-o serie de documente internaționale și a devenit baza recunoașterii principiului libertății conștiinței în această formă de către întreaga comunitate mondială.
Principiul separării asociațiilor religioase de la stat prevede neamestecul statului, agenții și funcționarii săi în chestiuni care determină atitudinea cetățenilor față de religie, la activitățile interne ale asociațiilor religioase, în cazul în care activitatea nu încalcă cerințele legilor țării. Statul nu ar trebui să finanțeze activitățile organizațiilor religioase și nici să promoveze promovarea altor credințe. La rândul său, organizațiile religioase nu pot interveni în treburile statului, nu participă la alegerea organelor sale de conducere, în partidele politice. Dar miniștrii acestor organizații au dreptul să participe la activități politice pe o bază egală cu toți cetățenii.