- asigurarea, în limitele competenței sale, a măsurilor de utilizare rațională, refacere și protecție a corpurilor de apă, prevenirea și lichidarea efectelor nocive ale apei;
- acordarea dreptului de utilizare a obiectelor de apă aflate în proprietate federală;
- exploatarea rezervoarelor și a sistemelor de gospodărire a apelor de uz integrat, de protecție și de alte structuri hidraulice aflate sub autoritatea Agenției, asigurând siguranța acestora;
- dezvoltarea în conformitate cu procedura stabilită a schemelor de utilizare și protecție integrată a resurselor de apă, bilanțurilor de apă și realizarea previziunilor privind starea resurselor de apă și utilizarea în perspectivă și protecția corpurilor de apă;
- asigurarea elaborării și punerii în aplicare a măsurilor de control al inundațiilor, activități de proiectare și stabilire a zonelor de protecție a apei ale corpurilor de apă și a benzilor lor de protecție de coastă, prevenirea poluării apei;
- furnizarea de servicii publice pentru furnizarea de informații referitoare la starea și utilizarea corpurilor de apă aflate în proprietate federală;
- întreținerea registrului de stat al contractelor de utilizare a corpurilor de apă, cadastrul de apă de stat și Registrul rusesc al structurilor hidraulice, implementarea monitorizării de stat a corpurilor de apă, contabilitatea de stat a apelor subterane și de suprafață.
Structura biroului central al agenției
- Managementul resurselor de apă și gestionarea apei
- Departamentul de Economie, Finanțe și Contabilitate Bugetară
- Managementul proprietății, informaticii și științei
- Departamentul de Servicii Publice și Personal