Genomul bacterian constă din elemente genetice capabile de replicare independentă, adică repliconi. Repliconii sunt cromozomii și plasmidele bacteriene.
Informațiile ereditare sunt stocate în bacterii sub forma unei secvențe de nucleotide ADN care determină secvența aminoacizilor din proteină. Fiecare proteină are gena proprie, adică o regiune discretă pe ADN, care se distinge prin numărul și specificitatea secvenței de nucleotide.
Cromozomul bacterian este reprezentat de o moleculă de ADN dublu catenar a formei inelului. Dimensiunile cromozomului bacterian în diferiți reprezentanți ai regatului Procaryotae variază. Cromozomul bacterian formează un nucleoid compact al celulei bacteriene. Cromozomul bacterian are un set haploid de gene. Codifică funcțiile vitale pentru celulele bacteriene.
Plasmidele din bacterii sunt molecule de ADN dublu catenar. Ele codifică nu funcțiile de bază pentru viața unei celule bacteriene, ci dau bacteriilor avantaje atunci când acestea cad în condiții nefavorabile de existență.
Proprietățile microorganismelor, ca orice alt organism, sunt determinate de genotipul lor. și anume un set de gene ale acestui individ. Termenul "genom" în ceea ce privește microorganismele este aproape sinonim cu "genotipul".
Fenotipul este rezultatul interacțiunii dintre genotip și mediu, adică manifestarea genotipului în condiții de habitat specifice. Fenotipul de microorganisme, deși dependent de mediul înconjurător, este controlat de genotip, deoarece natura și amploarea modificărilor stotopatice posibile pentru o anumită celulă sunt determinate de un set de gene, fiecare reprezentând o regiune specifică a moleculei ADN.
Variabilitatea se bazează fie pe o schimbare a răspunsului genotipului la factorii de mediu, fie pe modificările genotipului ca rezultat al mutațiilor genetice sau al recombinării lor. În legătură cu aceasta, variabilitatea fenotipică este împărțită într-o ereditară și non-ereditară.
Variabilitatea non-ereditare (de mediu, modificare) este cauzată de influența factorilor intra- și extracelulari asupra manifestării genotipului. Dacă eliminați factorul care a provocat modificarea, aceste modificări dispar.
Variabilitatea ereditară (genotipică). asociat cu mutații, este variabilitatea mutațională. Baza mutației este schimbarea secvenței de nucleotide din ADN, pierderea lor totală sau parțială, adică apare o revizuire structurală a genelor, care se manifestă fenotipic sub forma unei trăsături modificate.
Variabilitatea ereditară asociată cu recombinările se numește variabilitate recombinantă.