Igor Hmelkov
Aceste aceleași materiale în format MS Word, vă puteți ridica de pe site-ul e diferită.
Această secțiune descrie modul de a construi o nouă moleculă de ADN. În ceea ce privește Vector NTI, design - este crearea unei fragmente moleculare complet predefinite, a căror combinație este determinată de programul utilizatorului.
Construcția de molecule ADN se realizează prin următoarea schemă:
- Selecția și descrierea fragmentelor moleculei;
- Creați o listă de fragmente care descriu molecula țintă (Obiectiv Molecule Definiție Lista);
- Apelarea instrumentul adecvat și construcția propriu-zisă a moleculei.
molecula de ADN pot fi asamblate din diferite tipuri de fragmente - fragmente de molecule existente, linkeri, adaptoare, etc. O mare parte din munca în construcția moleculelor - definirea fragmentelor, o descriere a linkerilor și adaptoare durează mult mai puțin timp. Din fericire, ca parte a Vector NTI are un instrument special - fragmente de master (Fragment Wizard), care „gestionează“ utilizatorul în procesul de a descrie noul fragment și asigură o procedură rapidă și transparentă.
În plus față de proiectarea, în cadrul instrumentelor Vector NTI pentru a crea și de a adăuga o nouă moleculă de la baza de date, există o serie de posibilități, inclusiv:
- Descriere molecule pot fi importate din GenBank, EMBL, FASTA;
- Pentru o descriere a moleculei poate fi utilizată în secvență din orice fișier text;
- Molecula poate fi proiectată în conformitate cu normele construite în cunoștințe biologice Vector NTIs.
Molecule care sunt asamblate din fragmente, în termeni de Vector NTI numite molecule prin inginerie. Molecule descrise importate sau trase de molecule de bază numite manual ca acestea sunt scrise în baza de date ca un întreg, spre deosebire de molecule ceva inginerie care, împreună cu date comune în scris informația despre fragmentele de pornire.
Deci, sarcina noastră - pentru a crea o nouă bază de molecule de donare a genei de rezistență la tetraciclină de la pBR322 în al pUC19, folosind EcoRI și Avai situsuri de restricție în pBR322, EcoRI și Smal în pUC19.
Deschideți fereastra Display
Deschideți fereastra de afișare a pBR322 și C19. Pentru a face acest lucru, executați programul Vector NTI, fereastra Database Explorer se va deschide automat (poate fi accesată din programul de funcționare, făcând clic pe pictograma). Am ales un ADN de bază / date ARN Molecule (principal) și o listă de molecule găsi pBR322 și pUC19. Moleculele ar trebui să faceți clic pe (un singur clic) în timp ce apăsați Ctrl. În continuare, din ADN / ARN selectați Open din meniu. Programul va fi deschis de către o singură fereastră de afișare pentru fiecare moleculă.
Maximizarea ambele ferestre (butonul din colțul din dreapta sus), iar cursul vom vedea doar o singură fereastră de afișare (pentru pBR322), iar al doilea va fi ascuns. Comutarea între ferestre utilizând comenzile de meniu fereastra programului Vector NTI. Reducerea caseta de text în fiecare fereastră, și de a crește grafica, astfel încât desemnarea proprietăților și a mărcilor au fost în mod clar vizibile.
Putem trece acum la determinarea molecula țintă.
Definiți primul fragment
Primul fragment va consta aproape în întregime din molecula pUC19. Capătul 5 „al fragmentului va corespunde SmaI și 3“ - situs de restricție EcoRI.
Activați C19 Display Window. Va face partea grafică a ferestrei active (cu un singur clic în partea grafică, sau faceți clic pe pictograma corespunzătoare).
Acum apăsați Add Fragment la Molecule butonul Listă Gol.
Aceasta va deschide o casetă de dialog Fragment Wizard. Fragment Wizard - o secvență de panouri de dialog care descriu acțiuni de utilizator relevante care trebuie efectuate pentru a determina fragmentul. Dacă din întâmplare în procesul de determinare se face o eroare, va fi posibil să se întoarcă la etapele anterioare (prin apăsarea butonului Back). Rețineți că ferestrele expertul nu sunt modale, și putem continua să lucreze cu display w i ndow, se deplasează panoul a expertului, astfel încât nu este necesar pentru noi eclipsat site-uri de restricție.
Pe primul panou al expertului, selectați opțiunea Construcții Fragment și faceți clic pe butonul Next.
Urmați panoul de expert pentru a determina capătul 5“al noului segment. Faceți clic pe site-ul de restricție Smal etichetă (în fereastra grafica). Coordonează și numele site-ului va fi rescrisă automat în expertul. Din nou, faceți clic pe butonul Next.
Următorul pas - determinarea capătului 3“al fragmentului. Cerne butonul Hold, faceți clic pe eticheta de pe site-ul EcoRI. Informații despre site-ul de restricție precum și în cazul anterior poate fi rescris în câmpurile corespunzătoare panoul Wizard. Acesta este ultimul panou al expertului (element următor este blocat), deci ar trebui să faceți clic pe Finish.
Acest lucru va aduce fereastra New Fragment descrie parametrii de bază ai fragmentului și fragmentul se propune pentru a adăuga la listă.
Făcând clic pe Adaugă la lista de segmente cheie va fi adăugat la lista Goal Molecule. Dacă ideea fragmentului de informații este incorectă, se poate renunța, făcând clic pe butonul Cancel, în acest caz, ne întoarcem la piesele de bază.
Definiți un al doilea fragment
Utilizând meniul Window, mutați la pBR322. Asigurați-grafice active, o parte a ferestrei și faceți clic pe Adăugați Fragment la Molecule pictograma Listă Gol. Aceasta se deschide din nou Expertul Fragment. Mutați panoul de Wizard, astfel încât să fie vizibile site-uri EcoRI și Avai.
Pe primul panou al expertului, selectați opțiunea de constructii Fragment (acesta va fi deja selectată implicit). Urmatorul alege site-ul EcoRI la capătul 5“al fragmentului.
Apăsați butonul de Apoi, și ținând apăsat butonul de pe tastatura cerne defini site-ul de restricție Aval la capătul 3“.
După ce ați apăsat butonul Finish va fi familiar pentru noi mesajul despre noul fragment. Adăugați acest fragment de pe listă. Acum, al doilea fragment al moleculei înregistrată în lista noastră Goal Molecule.
Verificați lista de fragmente
Fac clic pe pictograma listei Goal Molecule de pe bara principală de instrumente Vector NTI.
Acest lucru va aduce dialogul de Molecula panoul syntaxă. După cum putem vedea, lista conține două contacte definite, fragment.
Introduceți informații generale despre noua molecula
În Numele: în loc să NEWMOL introduceți numele unei molecule, cum ar fi Molecule mea.
I click pe butonul Informații generale și introduceți următoarele în fereastra care se deschide:
- În câmpul Descriere, vom scrie „mea molecula # 1“;
- Sub extra-cromozomială Replicarea select flag "Bacteriile";
- Sub replicon selectați tipul de pavilion „Plasmida“;
- În cuvintele cheie înscriu nume sau alias, și faceți clic pe butonul Add (acest lucru este necesar pentru a, atunci s-ar putea găsi „creații“ ei într-o bază de date partajată).
Faceți clic pe OK și a reveni la panoul Molecula syntaxă.
Acordați atenție la comutatorul situat deasupra secțiunii a fragmentelor de molecule. Acestea vă permit să alegeți începutul unei noi molecule. Prima porțiune a moleculei în lista pregătită de program ca un fragment de „destinatar“ al moleculei. Astfel ca molecula de pornire poate selecta oricare fragment retspipientny sau selectați o anumită coordonate încep. Am ales Destinatar Start, în acest caz, începutul unei noi molecule pentru a coincide cu începutul primului fragment (C19).
Să încercăm să construim o moleculă
Constructul apăsați butonul din colțul din dreapta sus al Molecula syntaxă. În primul rând, programul ne va cere să selectați baza de date pentru noua molecula. În câmpul corespunzător, introduceți, de exemplu, „de bază mea“ și faceți clic pe OK. Programul ne spune că baza de date cu același nume nu există și va oferi să-l creeze. Am răspuns afirmativ.
In procesul de proiectare molecule Vector NTI detectează că capătul din stânga al fragmentului # 1 (situl Smal) nu este comparabil cu capătul din dreapta al fragmentului # 2 (site-ul Aval). Ca rezultat, am primit o notificare de la Vector NTI, că el este în imposibilitatea de a finaliza procesul.
Acest lucru se datorează faptului că fragmentul final „blunt“ al pUC19 (5 „) nu poate fi asociat cu fragmentul final«lipicios»al pBR322 (3“). Este necesar să se modifice capete, astfel încât, ca urmare au apropiat unul de altul.
Trebuie să modificați site-ul Aval, care formează capătul din dreapta liniei noastre. Apăsați pe dreapta Terminus - se deschide panoul INUS Term dreapta (Terminus Editor).
Vector NTI „capabil“ de a efectua trei operații consecutive biochimice pe un fragment de capăt, dar de data aceasta, avem nevoie doar de o singură operație - finalizarea la sfârșitul lipicios al site-ului Aval. Am ales în lista verticală de top Complet completat în secțiuni.
Acum, apăsați butonul OK din seria Terminus Editor și în Editorul Fragment. Încă o dată, vom ajunge pe Molecule de bord syntaxă. Dau click pe butonul construi și un răspuns afirmativ cu privire la utilizarea bazei mele de bază și despre faptul că informațiile despre molecula noastră în baza de date ar trebui să fie rescris (suprascriere). Vector NTI va revizui molecula noastră, și de data aceasta scrie la baza de date, fără nici o problemă.
Vezi ce se întâmplă
După crearea unei noi molecule și înregistra informații cu privire la aceasta în baza de date Vector NTI se deschide pentru fereastra ei display. Găsim imaginea moleculei TC (R), și rețineți că noi nu introducem harta funcțională și de restricție în mână, tot acest program este generat automat.
Acordați atenție la panoul de text de afișare Windows. Acesta a apărut dosar „Component Fragmente“ în descrierea moleculei. În acest dosar, vom vedea două din fragmentul nostru.
Am colectat molecula, definind toate situsurile de restricție necesare și operațiile biochimice pentru donarea fragmentului din pBR322 în pUC19. O astfel de lucru pe baza parametrilor definite de utilizator în ceea ce privește Vector NTI numit proiectare. Aceeași operație clonare, urmată de deplasarea TC (R) de la pBR322 în pUC19, pot fi efectuate fără site-uri și operații biochimice. Toate acestea pot fi încărcate Vector NTI, acest tip de muncă în termeni de design de program numite molecule, cu toate acestea, descrierea acestei proceduri este dincolo de domeniul de aplicare al acestei secțiuni.
Aceste aceleași materiale în format MS Word poate fi preluat de pe site-ul e diferită