Jocul are loc după terminarea Mortal Kombat: Armageddon. Câmpul de luptă este împrăștiat cu luptători morți. În partea de sus a piramidei erau două - Shao Kang și Raiden. Împăratul, folosind puterile divine obținute de Blaise după ce la învins, îl învinge cu ușurință pe Raiden - îl aruncă deoparte, iar Ryden îi sparge medalionul. Raiden reușește să strângă fragmentele amuletului și să le vrăjeze, în timp ce Shao Kahn scoate ciocanul să lovească lovitura finală. Kahn îi pune pe genunchi pe Reiden și leagă ciocanul, dar Raiden, terminând vraja, îi trimite un mesaj: "Trebuie să câștige!" Înainte ca ciocanul Împăratului să cadă pe el. Mesajul a mers cu succes la Raiden în momentul în care a început primul turneu. După ce a primit-o, Raiden este încurcat, pentru că a apărut o blocare pe medalion. După aceasta, întreaga poveste de la începutul primului turneu merge pe o cale complet diferită. Înainte de Raiden apar viziuni, prin care el află ce se va întâmpla în viitor și încearcă să-l schimbe.
Partea 1. Cel de-al zecelea turneu al "Battle Deadly"
Raiden și Liu Kang au fost la început singurii luptători care au participat la salvarea Regatului Pământ, ceilalți și-au urmărit obiectivele. Scorpion vrut răzbunare Sub-Zero pentru moartea familiei și clanul său, Sonya Lama a vrut să salveze Jax, care a fost capturat de către Shang Tsung, Johnny Cage a vrut să demonstreze tuturor că face toate cascadoriile din filmele sale, nu cascador lui. Sonia merge în căutarea lui Jax, dar Kano aproape a ucis-o, dar Johnny Cage o salvează pe Sonya. Sonia găsește Jax în temnița lui Shan Zong, dar Tsung a încercat să omoare Sonya, dar Raiden la oprit pe Tsung. Cu toate acestea, după Cage câștigă reptilelor turneu și Barak, și Sonya salva Jax, Raiden explica Sonya, Jax și Cage pentru ceea ce a creat acest eveniment și de ce ar trebui să câștige. Ulterior, Night Wolf se alătură acestora. A doua zi, turneul continuă și Scorpionul apare și cere de la bătălia Shan Zong cu Sab-Zero. În același moment, Raiden pare că viziunea Kuhn Lao îmbrăcat într-unul dintre slujitorii Shang Tsung a croit drum spre turneu. Raiden este Lao, și îl convinge să se întoarcă la călugării templu, deoarece călugării au ales Liu Kan ca un candidat în turneu. Dar Lao îi spune lui Raiden că este egal cu Liu Kan și îi determină pe Scorpion să lupte. Scorpionul acceptă provocarea și îl învinge pe Lao. Următoarea viziune Raiden cum Scorpion Sub-Zero câștigă, iar sufletul său este în lumea inferioară este transformată într-o versiune demonică de ea cu un nume nou noob Saibot. Raiden încearcă să prevină acest lucru și convins să nu-l omoare pe Scorpion Sub-Zero, Raiden în schimb cere zeii Elder reînvie familia și clanul său. În plus față de Sab-Zero în turneu există încă doi luptători din clanul Lin Quay: Sector și Cyrax. Toți trei au fost angajați de Shang Zong pentru protecție personală. Mai târziu, în cele din urmă, Scorpionul luptă cu Sab-Zero și îl învinge pe acesta din urmă. Scorpionul nu a omorât Sub-Zero, dar apoi apare Quan Chi și cheamă să-l omoare pe Sab-Zero. Scorpionul refuză. Cu toate acestea, Quan Chi nu sa oprit aici și a arătat viziune Scorpion a modului în care Lin Kuei și Sub-Zero ucis Scorpion clan și familie. Deși, de fapt, nu este adevărat. Familia și clanul lui Scorpion au fost distruse de Kuang Chi însuși ca recompensă a lui Sab-Zero pentru îndeplinirea sarcinii. După ce a văzut Scorpionul nu este constrânsă și ucide Sub-Zero, Sub-Zero însuși are timp doar să spună că nu era el, dar Scorpionul nu a fost ascultat. După aceasta, Raiden încearcă să-l convingă pe Syrax să-și ia partea. Însuși, în timp ce Cyrax este dedicat clanului său, ci împotriva faptului că cei mai buni luptători sunt transformați în cyborgs. Raiden a explicat că, dacă Shan Tsung câștigă acest turneu, atunci Împărăția Pământului se termină în același mod ca și clanul Lin Kuei. Sirax a fost de acord cu Raiden. Shang Tsung a aflat că cyrax a defectat in Raiden și a decis să scape de el prin trimiterea Shiva și Barack departe cu cyrax, dar el le-a depășit. Mai târziu, după conversația cu sectorul cu Shang Zong, lui Cyrax i sa dat o altă șansă de a ispăși trădarea. A trebuit să învingă și să-l ucidă pe Cage în următoarea luptă, dar el la cruțat pe Johnny. Ulterior, Sectorul a realizat în cele din urmă că Cyrax era acum pe partea lui Raiden și a încercat să-l trimită la cibernetică. Dar Cyrax a învins Sectorul și a părăsit turneul fără a decide care parte să stea. Soarta ulterioară a sectorului este necunoscută, este posibil ca acesta să părăsească turneul. În aceeași seară, Shang Zong reprezintă noul luptător al turneului Ermak. Liu Kang este singurul din Regatul Pământesc, care nu a pierdut un singur duel, deci este singura speranță pentru salvarea Pământului. Următoarea luptă a fost Ermak împotriva lui Liu Kahn. Liu Kang câștigă. Shang Tsung îl instruiește pe Kitana să o omoare pe Liu, deoarece el reprezintă un pericol. Kitana pierde, iar Liu nu o ucide și spune că nu mai vrea să o întâlnească din nou, ci într-o situație diferită. În lupta următoare, Liu Kang învinge Quan Chi și Scorpionul. Shang Zong anunță că următoarea luptă va fi cu campionul a nouă turnee la rând, adică cu prințul Shokanov Goro. Cu toate acestea, Goro nu a putut opri Liu Kan, iar pentru victorie, Liu a rămas cu o singură luptă. Shang Zong îl determină pe Liu Kahn să lupte pentru titlul de campion al Bataliei Deadly. Liu Kang câștigă. Toți luptători Underworld înapoi la Shao Kahn și Liu Kang primește titlul de campion al noului Mortal Kombat. Cu toate acestea, amuleta lui Raiden continuă să se deterioreze.
Partea 2. Alternativă
Shao Kang decide să omoare Zong pentru eșec în turneu, dar magicianul oferă un nou plan - pentru a organiza un al doilea turneu deja în lumea exterioară. Kang dăruiește tânărului lui Tsung și atacă mănăstirea Shaolin împreună cu armata tarkatanilor - cursa lui Baraka. Nu văzând altă cale, Raiden și războinicii de pe Pământ se luptă. Dar totul nu merge atât de bine. Războinicii din lumea întreagă încearcă să pună capăt războinicilor din pământ în afara turneului, pe care reușesc parțial. Rangurile luptătorilor de pe Pământ sunt slăbiți, dar turneul nu sa terminat încă. Raiden se gândește încă la cuvintele "trebuie să câștige!", Fără să știe despre cine vorbește. El decide să pună Kun Lao la ultima luptă, dar după ce la învins pe Kintaro, sărbătorește Lao moare în mâinile împăratului. Liu Kang decide să-i răzbune pe prietenul său și să lupte împotriva lui Shao Kahn. Facând o lovitură de moarte, Liu Kang câștigă într-un nou turneu. Dar amuleta lui Rayden continuă să se spargă.
Partea 3. Invazia lui Shao Kahn
Între timp, se pare că Kahn nu a fost ucis. În cele din urmă, a pus la îndoială loialitatea lui Zuang, folosită de Quan Chi. Îi oferă Împăratului să-și învie regina Sindel pe Pământ, multumită de care lumea începe să se îmbine. Astfel, sufletele luptătorilor de apărare care părăseau pământul intră în mâinile lui Shao Kahn. Raiden reunește din nou o echipă actualizată de luptători pentru a se confrunta cu invadatorii. Războinicii reușesc să slăbească forțele Lumii Exterioare și să oprească absorbția sufletelor. Cu toate acestea, în cripta, care a fost baza lor principală, ei sunt atacați de numeroși cyborgs Lin Kui. Cu puțin timp înainte, Raiden și Liu Kang s-au dus la Zei Bătrâni pentru sfat, dar nu l-au primit. La întoarcerea lor, toți războinicii de pe Pământ sunt deja bătuți sau uciși de Sindel, întăriți de sufletul lui Shang Tsun. Același Sindel ucide cu prețul vieții sale Night Wolf. Liu Kang, Sonia și Johnny Cage, supraviețuitori ai atacului, merg să lupte cu Shao Kahn. Raiden decide să facă un pas disperat: cere ajutor de la Quan Chi și merge la bârlogul lui. Magicianul îl poziționează pe Raiden pe fantomele războinicilor Pământului uciși în timpul luptei cu Sindel, ale cărui suflete sunt la dispoziția vrăjitorului. Învingându-le, Raiden primește răspunsul: "Trebuie să câștige!" Se referă la Shao Kan, deoarece doar atunci când Kahn este aproape de victorie, zeii îl vor opri pentru încălcarea legilor sale despre un război cinstit "turneu" între lumi.
Partea 4. Bătălia Dumnezeilor Bătrâni
Raiden ajunge la portalul de pe acoperișul uneia dintre clădirile în care Kan trece procesul de tranziție către lumea noastră. Liu Kahn nu mai crede Raiden și vrea să învingă chiar Împăratul. Raiden este forțat să se împotrivească lui. În timpul bătăliei, Liu Kang folosește un pumn de foc împotriva fulgerului lui Raiden care îl ucide. În acest moment împăratul sosește. Sonya și Johnny încearcă să-l reziste, dar el aruncă în aer și luptători epuizați. Repetați scena de la începutul jocului, unde Kahn la bătut pe Raiden și se pregătește să producă letalitate. Dar, de îndată ce Împăratul aduce ciocanul la grevă, Dumnezeii Bătrâni îi dau lui Reiden puterea de a învinge pe violatorul regulilor Bătății Mortale. Raiden se luptă cu Împăratul și câștigă. Folosind puterile Zeilor Bătrâni, Raiden la alungat în sfârșit din lumea noastră. Raiden, Sonia Blade și Johnny Cage sunt teleportați într-un loc sigur împreună cu corpul lui Liu Kahn. În acest moment, Kuang Chi apare, ridicând casca lui Kahn și comunicând cu zeul căzut în închisoare Shinnok. Se pare că evenimentele primelor trei turnee au fost parțial planurile vrăjitorului și zeului căzut pentru a surprinde lumile. Shinnok spune că deja câștigă forță pentru a scăpa de închisoare și pentru a zdrobi atât Împărăția Pământului, cât și lumea exterioară.