Toate ciupercile sunt împărțite în două grupe. Myxomycetes și ciuperci reale.
Sistematica acestor ciuperci se bazeaza pe o serie de semne greu de identificat. În practica practică, de obicei este suficient să se determine numai apartenența fungiilor mucegai la una sau la altă clasă. În funcție de caracteristicile structurale ale miceliu, structura organelor de reproducere asexuată, capacitatea de a reproducerii sexuale, precum și natura organelor fructifere ale tuturor ciupercilor, care sunt agenți patogeni comuni și alterării produselor alimentare utilizate în industrie, sunt împărțite în șase clase.
I. Chitridiomycetele sunt ciuperci care se dezvoltă fără formarea unui miceliu sau formează un miceliu slab dezvoltat. Ele reproduc în principal asexual, formând spori mobili flagelat. Acestea sunt cele mai primitive ciuperci. Majoritatea reprezentanților acestei clase sunt paraziți ai formelor superioare de organisme vii. De exemplu, ciuperca cauzează boala Olpidium Brassica răsaduri de varză, care afectează gâtul tijei (picior negru), Sinhitrium endobiotikum - tuberozitate de tuberculi de cartof (cancer cartofi), afectează, de asemenea, Molo Dyjí muguri și stolonii tuberculi.
II. Oomycetele au un miceliu unicelular bine dezvoltat; reproducerea asexuală - cu ajutorul sporelor în mișcare. Reproducerea sexuală este realizată de zoospori. Multe ciuperci din această clasă cauzează boala plantelor. Deci, phytophthora lovește tuberculii și frunze de cartofi, roșii, vinete. La tuberculii infectați cu phytophthora, se formează urme de dentare, care trec treptat întreaga tuberculă, murind în același timp. Suprafața tuberului este acoperită cu un strat de puf alb, compus din sporangiopore.
Miezul și sporii miceliali rămân pe tuberculi, pe resturile frunzelor, în sol.
Un alt reprezentant al acestei clase - plasmapar - provoacă o boală de struguri, care afectează frunzele și fructele de pădure, - mucegaiul dense. Frunzele uscate se îndoaie și cad, fructe de padure înfloresc de la suprafață, pierd adesea abilitatea de a continua dezvoltarea și maturizarea și se destramă. Sporii de ciuperci rămân pe reziduurile de plante din sol timp de mai mulți ani.
III. Zygomycetele au un miceliu unicelular dezvoltat. Reproducerea este asexuală și sexuală. Reproducerea așezuală se realizează cu ajutorul sporulei imobiliare, formată în sporangii, reproducerea sexuală de către zigospori. Această clasă include ciupercile, distribuite pe scară largă în natură. Mulți dintre aceștia sunt agenți activi de distrugere a diferitelor produse alimentare. Cele mai frecvente sunt mukor, rhizopus.
Mukor, deseori denumit mucegai gri, este un agent patogen extrem de modest, cu dezvoltare rapidă. Ea afectează fructele, legumele, produsele culinare gata preparate, bunurile și materialele. Cu reproducere asexuală formează sporangii singulare mari, sporangiophorele uneori sucursale.