Nobilul, dar notabil din 1492-1504 a servit ca o pagină în regina reginei portugheze. A studiat astronomia, navigația și cosmografia. În 1505-1513 a participat la luptele pe mare cu arabii, indienii și mauri, sa dovedit un războinic curajos, pentru care a primit rangul de căpitan pe mare. Din cauza unei acuzații false, a fost refuzat promovarea ulterioară, iar în 1517, după ce a demisionat, sa mutat în Spania. Revenind la slujba regelui Charles I, el a propus un proiect de voiaj în jurul lumii, adoptat după o negociere lungă.
Unul dintre liderii insulei Mactan Lapu-Lapu se opunea ordinii noi și nu se va preda puterii lui Humabon. Magellan a organizat o expediție militară împotriva lui. El a vrut să demonstreze locuitorilor locali puterea Spaniei. Lupta era nepregătită. În timpul șederii europenilor la Cebu, rezidenții locali au avut ocazia să studieze armele europene și slăbiciunile lor. Ei s-au mutat repede, fără a permite europenilor să vizeze, și au atacat marinarii în picioare neprotejate.
Astfel sa încheiat prima călătorie în jurul lumii, care a dovedit sfericitatea pământului. Pentru prima dată, europenii au trecut cea mai mare dintre oceane - Quiet, deschizând un pasaj din Atlantic. Expediția a constatat că o mare parte a suprafeței pământului nu este uscată, așa cum credea Christopher Columb și contemporanii săi, și oceanele. Numele lui Magellan a fost strâmtoarea și două grupuri de stele, descrise de istoriograf și participant al expediției Antonio Pifacetta. Romanul scriitorului austriac Stefan Zweig "Magellan" este dedicat soarta lui Magellan, fetița sa îndrăzneață.