Structura sistemului de organe reproductive la păsările de sex feminin are o particularitate. În majoritatea ovarelor, ovarele sunt asociate, pe fiecare parte oviductul care curge în uter se apropie de ele. La majoritatea păsărilor, ovarul și oviductul drept sunt complet reduse, deși două ovare și două oviducturi sunt puse în timpul dezvoltării embrionare.
În starea inactivă, sistemul de organe reproductive include un ovar mic cu un mazăre și un tub subțire, care mai târziu trece în oviduct, uter (coaja cochiliei) și vagin.
Atunci când femela este gata să producă ouă, toate părțile sistemului reproductiv cresc semnificativ în dimensiune. Ovarianul ocupă aproape toată cavitatea abdominală. Roliile foliculilor atârnă pe ovar, ca fructe de padure pe viță. Folicile din ovar "coacă", transformându-se în ouă, cunoscute ca niște gălbenușuri. Oul, bogat în gălbenuș, este eliberat de ovar și intră în "pâlnia" deschisă a oviductului.
Dacă, din anumite motive, oul cu gălbenuș nu poate intra în pâlnie sau oul în curs de dezvoltare se întoarce de-a lungul oviductului, substanțele din ouă intră în cavitatea corpului. În cel mai bun caz, aceasta înseamnă că oul nu va fi întârziat niciodată, iar femela poate fi sterilă. În cel mai rău caz, o proteină din ou poate provoca o reacție inflamatorie cunoscută sub numele de "peritonită de ou", care poate duce la moartea unei păsări.
În cazul în care gălbenușul trece cu succes în jos oviductul în uter, atunci în acest fel se formează stratul proteic, două subțiri subțiri și în final cochilia impregnată cu calciu. Aici, fertilizarea are loc, de asemenea, cu spermatozoizii crescând oviductul. Oul rămâne în vagin până când femelele sunt gata să renunțe. La papagali mari, călătoria ovulului de la ovar până la cuib este de 36 până la 56 de ore.
La câțiva papagali, dorința de reproducere este foarte mare. Dacă pasărea crede că se află într-o relație stabilă cu o altă pasăre, cu proprietarul sau chiar cu o jucărie, ea poate începe ouăle.
Femelele de specii, cum ar fi lovebirds, cockatiels și budgerigars, de multe ori încep să se stabilească multiple ambreiaje de ouă, care duc la epuizarea extremă a organismelor, sau o creștere semnificativă a riscului de „peritonita gălbenuș de ou.“
La alți papagali, stimularea prelungită a ovarului duce la slăbirea mușchilor din peretele corpului și la dezvoltarea unei hernițe la pasăre. Metodele de corectare a comportamentului și a unei alimentații adecvate ajută astfel de păsări, dar uneori în astfel de cazuri este necesară îndepărtarea chirurgicală a ovarului pentru a opri sistemul reproductiv.
Organele genitale ale bărbatului sunt formate din două testicule cu anexe și canale seminale. Testele sunt locul de formare a spermei. Spre deosebire de mamifere, ele sunt situate în interiorul cavității abdominale. Sub influența hormonilor sexuali în timpul împerecherii, testiculele cresc de cinci ori comparativ cu dimensiunea inițială. Din apendicele testiculelor și vas deferens, sperma intră în cloaca. Glandele sexuale suplimentare, cum ar fi, de exemplu, glanda prostatică, precum și organele genitale externe vizibile la păsări, sunt absente. În partea inferioară a cloaca este un organ de copulație, dar la cele mai multe specii de păsări este atât de mic încât nu poate fi văzut cu ochiul liber.