Majoritatea peștilor respiră oxigenul dizolvat în apă. Principalul organ de respirație sunt bolile. Forma și mărimea suprafeței ghilotinei, structura fantelor de ghilot și mecanismul mișcărilor respiratorii depind de modul de viață al peștilor. În peștii înotați în jumătate de apă, găurile cu crestături sunt mari, iar petalele ramificate sunt spălate în mod constant cu apă proaspătă bogată în oxigen. Pești bentonici - anghile, fluturașul - crestături mici (în caz contrar pot fi înfundate cu noroi) cu dispozitive pentru circulația forțată a apei.
Peștii care trăiesc în apă, săraci în oxigen, au organe respiratorii suplimentare. Crapul și alți pești cu deficit de oxigen în oxigen înghiți aerul atmosferic și îl folosesc pentru a îmbogăți apa cu oxigen.
Linul, somnul și anghila au respirație cutanată suplimentară. În funcțiile respiratorii ale bibanului, participă un swimbladder, iar la nivelul intestinului participă intestinul. Unele pești de apă caldă sunt înzestrați cu organe care le permit să respire aerul atmosferic direct. Unii pești au un aparat special de labirint, alții au o vezică de înot care sa transformat într-un organ respirator.
În funcție de structura organelor respiratorii, peștii diferă în cantitatea de oxigen dizolvată în apă. Unele specii de pești au nevoie de un conținut foarte ridicat în apă - somon, albă, păstrăv, țipăt; altele sunt mai puțin exigente - roach, biban, stiuca; a treia este satisfăcută de o cantitate absolut nesemnificativă de oxigen - crucian, tench. Există un prag pentru conținutul de oxigen în apă, sub care indivizii acestei specii devin leneși, aproape că nu se mișcă, mănâncă prost și în cele din urmă mor.
Oxigenul pătrunde în apă din atmosferă și este eliberat de plantele acvatice, pe de o parte, emit sub influența luminii și, pe de altă parte, absorb în întuneric și consumă atunci când putrezesc. Prin urmare, "rolul pozitiv al plantelor în regimul de oxigen este notabil numai în timpul creșterii lor, adică în timpul verii și în timpul zilei.
Oxigenul pătrunde încet de la un strat de apă la altul, iar straturile de suprafață sunt întotdeauna mai mari decât în apropierea fundului. Acesta este unul dintre motivele dezvoltării slabe a vieții și a lipsei acumulării de pește în vara la adâncimi, în special în rezervoarele inactive.
În lacuri există zone cu o concentrație mai mare și mai mică de oxigen. De exemplu, vântul care suflă din țărm, fură straturi superioare de apă bogate în oxigen și în locul lor primește o apă adâncă puțin oxigenată. Astfel, o zonă cu un conținut mai redus de oxigen este creată pe țărmul calm, iar peștii, cu alte lucruri egali, preferă să rămână lângă malul de surf. Un exemplu caracteristic este comportamentul în lacul Ladoga al lipiliei care absoarbe oxigenul, care vine pe țărm, în principal, cu un vânt constant care suflă din lac.
În râuri, în special în flux rapid, nici vara, nici iarna nu există o lipsă naturală ascuțită de oxigen. Cu toate acestea, în râuri care sunt poluate cu deșeuri de lemn plutitoare și poluate de apele uzate industriale, acest deficit este atât de mare încât peștele care necesită oxigen dispar complet.