Contaminanții chimici includ substanțe toxice naturale (micotoxine și toxine marine), poluanți de mediu (mercur, plumb, radionuclizi și dioxine). Poluanții sunt uneori înțeleși ca substanțe chimice naturale conținute în plante, de exemplu glicoalcaloizi de cartofi.
Când vine vorba de pericole chimice, în multe cazuri efectul este dificil de a se referi la un anumit produs. Compoziția alimentelor este afectată de metalele toxice, introduse de apă și ploaia acidă, și de peste 80.000 de substanțe chimice industriale.
Contaminarea chimică poate afecta starea de sănătate după o singură expunere sau, mai des, după o expunere prelungită.
Poluarea chimică are efecte mutagene, cancerigene și teratogene asupra sănătății umane. În special, atunci când se evaluează carcinogenitatea unei substanțe, nivelul acceptabil este definit ca nivelul la care probabilitatea cancerului crește cu un caz pe milion dacă efectul persistă pe tot parcursul vieții.
În cadrul programului internațional GEMS / Food - Sistemul global de monitorizare a mediului - care a intrat în vigoare din 1976, guvernele diferitelor țări, organizații publice și publicul larg primesc informații despre nivelurile și tendințele acumulării de contaminanți în produsele alimentare și impactul lor asupra sănătății umane și a comerțului.
În cadrul Codului, gestionarea substanțelor chimice potențial periculoase din produsele alimentare a fost delegată comitetelor de aditivi alimentari și contaminanți și a reziduurilor de pesticide.