Lupta împotriva ereticilor a fost una dintre principalele sarcini ale papalității medievale - au amenințat unitatea bisericii. Un alt Conciliu Ecumenic al III-lea din 1179 a condamnat ereziile valdensiene și albigensiene, însă măsurile extreme împotriva lor au fost luate numai sub Inocențiu al III-lea. Rădăcinile ereziilor medievale datează din epoca reformelor gregoriană, când mișcările radicale ale mișcării de reformă îndreptate împotriva ierarhiei bisericești au apărut și în interiorul bisericii. Radicalismul care a apărut în secolul al unsprezecelea a fost încă conectat cu succes la implementarea programului Papalității reformate.
La început, indiferent de catarii din sudul Franței, a apărut erezia Walden. A fost o mișcare seculară, condusă de un comerciant bogat din Lyon numit Pierre Valdot, care și-a distribuit proprietatea asupra săracilor și a început să predice. Bazându-se pe Evanghelie, el a predicat sărăcia apostolică și a chemat să-L urmeze pe Hristos, ce se opune din ce în ce mai ferm clerului bogat. În 1184, Papa Lucius al III-lea a declarat mișcarea lui Waldo eretică. De atunci, Waldenses au devenit din ce în ce mai în legătură cu catarii, au respins ierarhia bisericească, ordonanțele sfinte, iertarea, zeciuiala, au negat serviciul militar, au trăit o viață morală strictă. După exterminarea albigienilor, erezia lui Valdeus sa răspândit în aproape întreaga Europă în secolul al XIII-lea. În locul structurii de clasă a societății feudale, Waldenses a făcut egalitate în spiritul bisericii creștine timpurii. În comunitățile lor, au recunoscut Biblia ca singura lege. Erezia Walden din orașe sa răspândit în sate.
La sfârșitul secolului al treisprezecelea, o mișcare a așa-numitelor gumiliate a apărut în Lombardia, o mișcare semi-monahală, cu o jumătate de erezie-asceză. Lucius III și ereții lor declarați.
Autoritățile seculare au oferit cu bucurie bisericii papale asistența lor armată pentru a se ocupa de eretici. În timpul pontificatului Inocenței al III-lea, identificarea eretică a ereticilor și condamnarea acestora de către curtea bisericii, dar cu ajutorul puterii seculare. În principiu, Inchiziția a existat întotdeauna în biserică. Inițial, aceasta nu însemna nimic mai mult decât păstrarea dogmelor de credință în puritate și excluderea din biserică a celor care le-au pervertit. Această practică a fost stabilită încă din secolul al XIII-lea. În legătură cu faptul că în Evul Mediu biserica și religia au devenit factori sociali, atacurile asupra lor au fost considerate simultan drept atacuri asupra statului și a sistemului social. început juridic și organizatoric al Inchiziției medievale au fost dezvoltate de către Papa Alexandru al III la sinoadele din 1162 în Montpellier și în 1163, în tipul și stabilite în document, în cazul în care acesta a fost arătat cum să se ocupe cu ereticii. Până în Evul Mediu, principiul funcționa conform căruia ereticii nu ar trebui să fie exterminați, ci convinși. Din acel moment, bisericii trebuiau să se opună ereticilor, fără să le perceapă cu îndatoriri oficiale (ex officio). Teologii și juristii au dezvoltat principiul conform căruia erezia este aceeași cu aceea de a insulta autoritatea supremă (insultă față de maiestate) și, prin urmare, este pedepsită de stat. În 1184, la Catedrala din Verona, Lucius al III-lea a emis un decret începând cu cuvintele "Ad abolendam", îndreptate împotriva ereticilor. Clerul a fost acuzat că nu numai că îi acuza de erezie în cazurile care le-au devenit cunoscute, ci și de desfășurarea procesului de cercetare (inquisitio). Împăratul Frederick I, care a fost prezent la catedrală, a ridicat un blestem asupra ereticilor din legea imperială; eretici au fost, de asemenea, supuși persecuției de către stat. Puterea seculară sa unit cu inocierea bisericii împotriva inamicului comun. Ancheta a fost condusă de biserici, au fost organizate și procese împotriva ereticilor, dar interogarea și executarea sentințelor - lucru murdar - a fost încredințată puterii seculare.
Pentru prima dată, în conformitate cu codul de legi din 1197, regele Aragon Pedro II a constatat că ereticii ar trebui arși la miza. Și Inocențiu III, confirmând în 1199 decretul menționat anterior de Papa Lucius, a adăugat cuvintele sale din acea erezie, în conformitate cu legea romană este identică cu majeste lese și, ca atare, pedepsita cu moartea pe rug. Potrivit unei alte explicații, ereticul a fost ars la miză, deoarece erezia inițială a fost comparată cu o ciumă. Erezia este rana sufletului, dușmanul muritor al adevăratei credințe, și se răspândește la fel de repede ca și ciuma reală. Singura modalitate de a opri ciuma și de a preveni o nouă infecție a fost arderea cadavrelor decedatului de pe ciumă și lucrurile care le aparțineau. Prin urmare, chiar împotriva ereziei, aceasta a fost singura modalitate de vindecare. În cel de-al III-lea canon al IV-lea al Consiliului Ecumenic Lateran, decizia lui Innokenty a fost canonizată, iar împăratul Frederick al II-lea în 1224 la făcut drept lege imperială.
Inchiziția papală în forma finală a fost formată în anii 1200. Sub papa Grigorie al IX-lea, legile legate de aceasta au suferit modificări ulterioare, iar în 1231 a fost emisă o constituție papală, începând cu cuvintele "Excommunicamus". Acum, împreună cu investigațiile episcopului, acționarii papaliști au acționat și ei; care deține Inchiziția, Papa a instruit noile ordine mendicante. În special, dispozițiile detaliate privind Inchiziția au fost elaborate de către dominicanii. Desfășurarea Inchiziției papale a fost accelerată în principal de constituirea lui Innocent IV IV 1252, începând cu cuvintele "Ad extirpande". În acest document, Papa a prevăzut folosirea torturii în timpul interogatoriului. Crearea primei curți papale a Inchiziției a avut loc sub Nicolae al IV-lea la sfârșitul secolului al XIII-lea. Inchiziția a fost nemiloasă. Ereticii - pentru un al doilea picior - au fost lipsiți de drepturi civile și politice, le era interzis să le îngroape, au avut nici un drept de apel și protecția proprietății lor a fost confiscată, iar denunțarea ei au fost acordate. În această biserică, instituțiile funcționau împreună cu autoritățile seculare. Într-o epocă de teroare a Inchiziției, care a crescut în persecuție în masă de incendii de ardere în piața orașului încercau să sperie oamenii și păstrați-le departe de orice demonstrații împotriva ordinii existente.
Biserica medievală a fost o instituție bogată și influentă în care rândurile episcopale și abbat au fost destinate reprezentanților nobilimii feudale. În același timp, o trăsătură importantă a tendințelor filosofice spirituale a fost idealizarea sărăciei, iar cel mai arzător predicator al sărăciei a fost urmașul lui Bernard de Clairvaux, Sfântul Francisc de Assisi. Idealul vital al aspirațiilor burgheze opuse societății feudale a fost, dacă nu dorința de sărăcie, atunci, fără îndoială, dorința de simplitate, de raționalism. Aceasta sa manifestat în mișcările care au predicat sărăcia: pe de o parte mișcările eretice care s-au dezvoltat în afara bisericii; pe de altă parte, în interiorul bisericii - în ordinele mendicante.
Statutul Ordinului Minorităților (Ordo Fratres Minorum), bazat pe principii centrale, a fost aprobat în 1223 de Papa Honorius III.
Lupta împotriva ereziei catarilor a impus crearea Ordinului dominicanilor sau a Ordinului Preacerilor Fratelui. Numele a fost explicat mai târziu după cum urmează: călugării s-au considerat câini Domini - câinii Domnului. Fondatorul Ordinului Fraților Predicatorilor (Ordo Fratrum Praedicatorum) a fost Sf. Dominic (aproximativ 1170-1221), care a fost un canon, ci prin renunțarea la postul, a luat un jurământ de sărăcie și-a dedicat viața luptei cu ereticii. Inocul III se opunea în continuare consolidării ordinului, dar următorul papă la aprobat în 1216. Activitatea teologică a dominicanilor nu a servit cel puțin scopurilor pragmatice ale discuției cu erezia. Ordinul a elaborat pentru Inchiziție nu numai argumente teologice, ci și prevederi legale vicioase. Inchiziția pontificală era aproape exclusiv în mâinile Ordinului dominicanilor.
Sub influența a două ordini majore mendicante, monahismul a experimentat o nouă renaștere. Un cavaler-cavaler a format o ordine mendicantă a Carmelitelor, care în 1226 a fost aprobată de Papă. Ordinul servitilor a fost format în 1233 în Florența ca o societate seculară. În 1255, Papa Alexandru al IV-lea și-a aprobat statutul, dar numai de la începutul secolului al XV-lea această ordine a devenit mendicantă.
Dar dacă idealul erei cavalerești era un erou cu cruce pe un impermeabil, atunci în secolul al XIII-lea apelurile papei, cerând o cruciadă, erau deja întâmpinate cu o indiferență totală. Proiectele largi IV din Catedrala Laterană nu au adus rezultatele așteptate în acest domeniu. Regele Ungariei András al II-lea, regele francez Louis IX și apoi Frederick al II-lea au condus încă cruciadele, dar fără mult succes. András al II-lea a participat la cruciada în Palestina, conducând o armată de 15.000 de bărbați. În timpul absenței sale, el a dat țării sub protecția papei, iar administrația a încredințat arhiepiscopul de Esztergom. Armata a fost trimisă de venețieni pe mare; András ca o plată pentru care a refuzat în favoarea lor din orașul Zara. Cruciada maghiară la începutul anului 1218 sa încheiat fără rezultate.
Ultimul act de luptă dintre Papa și Împărat (prima jumătate a secolului al XIII-lea)
Cea mai dificilă sarcină a succesorilor Inocențiului al III-lea a fost punerea în aplicare a puterii politice universale a papilor în lupta împotriva puterii împăratului Frederick al II-lea, care la acea vreme a ajuns la un boom. Frederick al II-lea (1212-1250) a crescut sub tutela lui Inocențiu al III (Friedrich a fost nepotul lui Frederick Barbarossa, moștenitorul regatului Siciliei și germano-Imperiul Roman). În 1212, Frederick a fost ales rege german. În anul următor, Inocențiu al III-lea a murit, iar Frederick al II-lea a început din nou războiul pentru Italia. Datorită faptului că deținea Sicilia, care la vremea aceea era un regat bine secular, bine organizat, șansele sale de victorie erau minunate. El a înconjurat papalitatea de la nord și sud. Cu toate acestea, în Germania, Friedrich nu avea putere reală. În Sicilia, până în secolul al XIII-lea, s-au dezvoltat economia și comerțul dezvoltat. Centrul oficiului italian de sud a fost Sicilia, bazându-se pe care Friedrich al II-lea, ultimul împărat medieval, a încercat încă o dată să transpună în realitate visul dominației mondiale. Friedrich aproape că nu a părăsit Sicilia, dragă în inima sa, iar Germania îi părea o provincie îndepărtată și rece. Ultimul împărat al familiei Hohenstaufen și-a construit curtea Palermo într-un mod oriental, cu confort oriental.
La început, papalitatea a arătat conformitatea cu planurile ambițioase ale lui Frederick al II-lea. Honorius III (1216-1227) a intrat pe tronul papal, fiind o persoană veche și slabă. Nici nu încerca să arate forță în raport cu tânărul împărat. Astfel, Frederick nu a împiedicat să unească moștenirea maternă, regatul sicilian, cu împărăția germană moștenită de la tatăl său. Papa Honorius era mult mai preocupat de afacerile interne și de eforturile deja obsesive de a organiza o cruciadă. Honorius III a legitimat formarea de noi ordine mendicante, iar în scopul organizării unei cruciade, la orice preț, a căutat un acord cu Friedrich. Papa a condiționat, de asemenea, încoronarea lui Frederick la împărați prin faptul că el va realiza eliberarea Țării Sfinte. După ce a primit coroana împăratului în 1220, Friedrich al II-lea nici măcar nu sa gândit la abordarea cruciadei, ci a început să-și întărească propriile poziții în Italia.