Bacteriile joacă un rol important pe Pământ. Ele reprezintă o legătură importantă în ciclul de substanțe. Aceștia participă la același ciclu de substanțe în natură, formând structura și fertilitatea solului (cauzând descompunerea plantelor și animalelor moarte). Participă la diferite procese: descompunerea substanțelor complexe la cele mai simple (de exemplu, bacteriile de fixare cu azot), dezintegrarea în distrugerea mineralelor. De asemenea, utilizat în industria alimentară, microbiologică.
Cianobacteriile secretă oxigen în timpul fotosintezei. Este datorită acestui grup de organisme care, acum 2 miliarde de ani în urmă, acumularea de oxigen molecular a început în atmosferă. Ca urmare a activității acestor bacterii, compoziția gazului din atmosferă sa schimbat și s-a format un ecran de ozon. Un rol important îl joacă bacteriile în fixarea azotului atmosferic. Bacteriile joacă un rol important în ciclurile biologic importante ale substanțelor de pe Pământ, efectuând transformări chimice care nu sunt accesibile nici plantelor, nici animalelor. Bacteriile saprotrofice asigură descompunerea substanțelor organice complexe, traducându-le în compuși minerali care pot fi asimilați de plante. Ca rezultat al activității bacteriilor saprotrofice, Pământul este curățat de cadavrele animalelor și plantelor. Astfel, bacteriile sunt o legătură importantă în ciclul substanțelor din natură, precum și în sanitarii planetei noastre. Fără activitatea bacteriilor, viața de pe Pământ ar fi imposibilă.