Ciupercile joacă un rol important în circulația substanțelor în natură, în legătură cu care, importanța ciupercilor este extrem de mare. Aceste organisme-saprotrofe descompun compușii organici ai solului la cele minerale, care ulterior sunt asimilate de plante. Ciupercile de sol, în special matrițele, joacă un rol excepțional în formarea solului. Astfel, în pădure, fungi, datorită capacității lor de a forma diverse enzime, realizează procesul de descompunere a gunoiului din frunziș și lemn. Substanțele organice se acumulează în miceliul multor ciuperci, care, după distrugerea lor, se transformă în humus. Faptul științific că miorfiza (simbioza fungilor și plantelor) afectează în mod pozitiv activitatea vitală a plantelor. În plus față de ciuperci. Mycorrhizas se formează prin multe ciuperci de mucegai. Acestea pot fi în relații reciproc avantajoase cu plantele erbacee, inclusiv speciile culturale. Multe animale consumă corpuri fructuoase de ciuperci, de exemplu, mamifere (veverițe, rozătoare, mistreți, cerbi), insecte, păsări etc. Proprietatea negativă a unor ciuperci - ele pot fi paraziți ai unor plante și animale mai înalte. Ciupercile-paraziți (broaște țestoase, ciuperci de mucegai) pot distruge copacii, distrug complet plantele infectate capabile de phytophthora, ciuperci.
Importanța deosebită a ciupercilor, inclusiv a mucegaiurilor, și a vieții umane. Mai mult de 100 de specii de ciuperci comestibile sunt cunoscute, însă nu mai mult de 40 sunt consumate. Ciupercile conțin multe substanțe nutritive. Unele tipuri de ciuperci comestibile, de exemplu, șampiri, ciuperci de stridii, sunt crescute în mod artificial în spații adaptate. Din ciupercile de mucegai, cum ar fi penicilus, aspergillus, se obțin antibiotice care distrug celulele unor bacterii patogene fără a afecta celulele gazdă. Rolul de panificație, vin, drojdie de bere în prepararea băuturilor alcoolice, oțetului, kefirului, brutăriei este bine cunoscut. În industria alimentară, anumite tipuri de mucegaiuri sunt folosite pentru a produce soiuri de brânză tare cu un gust ascuțit și un miros specific. Din unele tipuri de matrițe, substanțe care accelerează creșterea plantelor. Astfel de substanțe sunt utilizate pentru a crește mărimea boabelor fără semințe din unele soiuri de struguri. Există specii de ciuperci care parazitează insectele. Ele sunt utilizate în metoda biologică de combatere a dăunătorilor culturilor agricole.
Multe ciuperci necomestibile dăunează sănătății umane consumându-le accidental în alimente. Cele mai periculoase ciuperci otrăvitoare de pălărie - toadstool palid, zboară agaric, unele tipuri de rujuri, șampițe, care pot provoca otrăviri mortale. Otrarea unei persoane poate provoca alimente mucegai, deoarece multe tipuri de mucegaiuri conțin otrăvuri și substanțe care cauzează formarea de tumori maligne.
Pierderi mari la fermă sunt aduse de ciuperci, arbori dăunători (tinder, fungi de mucegai). Distrug părți din lemn ale clădirilor, mobilierului, cherestea în depozite, cărți în bolți, opere de artă etc. Distribuite în centura de mijloc a Rusiei și Ucrainei sunt bolile plantelor, cum ar fi cerealele, putrezirea fructelor de pere și măr, altele. Animalele de companie și oamenii se pot îmbolnăvi de leziuni ale pielii de diverse ciuperci de mucegai și drojdie (ringworm, scab).