Reluări de rătăcire a celui mai venerat sfânt, nu numai între ortodocși, ci și în reprezentanți ai altor credințe, sunt păstrate în Bari. Deja aproape o mie de ani, relicvele Sf. Nicolae este atras aici de pelerini din întreaga lume.
În 1087, barienii au transportat moaștele Sf. Nicholas din orașul Myra din Bari. Arhiepiscopul orașului a vrut să pună relicvele în catedrala din Bari, dar barianii au insistat să construiască un nou templu pentru altar. Această dispută a fost soluționată de abate Benedictine Ilya. El a fost însărcinat cu construcția unei noi biserici. Criptatul a fost construit în 2 ani. În timp ce partea superioară a templului a fost construită puțin peste o sută de ani.
Crypta este o încăpere subterană în biserică. Primele cripte au început să fie construite în Evul Mediu. În această perioadă, relicvele sfinților, diferite relicve au început să se răspândească și să se ridice și să construiască cripte demne de valoare. Criptă din Bari a fost construită pentru a stoca relicvele Sf. Nicholas. Se bazează pe 26 de coloane. 4 coloane care susțin tavanul din centrul criptei diferă de restul. Aceste coloane bizantine au capitale foarte frumoase. Unii descriu păsările care beau dintr-o ceașcă, ceea ce simbolizează botezul. Capital - în traducere înseamnă "cap" este partea de sus a coloanei.
Criptă a fost gata în 1089. Sfințit de Părinte Urban 2 el însuși, el a transferat relicvele pentru a fi depozitate sub altar. Acest altar acoperă acum relicvele sfinte. Pe acest pasaj de altar și serviciile ortodoxe și catolice.
Moaștele Sf. Nicolae sunt sub nivelul podelei și acoperite cu blocuri de beton armat pe toate laturile. Singura deschidere din mormânt este deschisă pe 9 mai, în ziua sărbătorii Sf. Nicholas și pusikom aleg miro. Miro este de aproximativ 200 de grame. Acest lichid este apoi diluat cu apă și distribuit în întreaga lume.
În spatele altarului din cripta există o veche icoană din 1327. Acesta este un dar pentru bazilica de la regele Serbiei Uros 3. Tatăl său, Urosh 2, suspectat de conspirație. El a ordonat să-și omoare fiul și la trimis în Grecia. Dar prințul a fost vindecat de orbire prin rugăciuni la Sf. Nicolae și în recunostinta pentru vindecare a prezentat această icoană ca dar pentru bazilica.
În cripta există o capela ortodoxă. Există în mod regulat servicii ale Bisericii Ortodoxe Române. Bazilica din Bari este singurul templu în care există două altare, catolice și ortodoxe.
Ieșind din criptelor pot vedea mormântul abatelui lui Ilie, care a început să construiască templul. Mormântul lui este decorat cu o farfurie cu imaginea a patru filosofi care vorbeau între ei.