Istoria muzeului începe în 1883. cu o colecție simplă de artefacte. O clădire separată a fost ridicată în 1904 -1912, datorită a doi arheologi greci: Josef Hadzidakis și Stefanos Xanthudidis. În locul său, în perioada dominației venețiene se afla una dintre cele mai bogate și mai importante mănăstiri catolice din Creta - mănăstirea Sf. Francisc, distrusă de un cutremur în 1856. În 1937, au început lucrările de reamenajare a muzeului, a devenit mai rezistent la seism. Lucrarea a fost realizată de faimosul arhitect grec Patrocolos Carantinos. În timpul celui de-al doilea război mondial, clădirea a fost grav afectată, dar datorită eforturilor profesorului Nikolaos Platon, comorile muzeului au fost păstrate, iar în 1952 au fost din nou disponibile pentru vizionare. În 1964, a fost adăugată o altă aripă.
Astăzi, muzeul are douăzeci de camere care conțin exponate colectate din toată Creta. În plus față de colecția de artă minoică, muzeul prezintă și alte perioade din istoria Cretei - de la perioada neolitică până la dominația greco-romană. Cu toate acestea, perioada Minoică constituie baza expunerii. Toate exponatele noi sunt livrate muzeului direct de la locul excavării.
Mândria muzeului este discul Phaistos. Un monument unic al literelor culturii minoice din epoca bronzului mijlociu. Până în prezent, nici scopul exact, nici timpul de fabricație nu au fost cunoscute în mod fiabil. Este demn de remarcat că nici una dintre citirile propuse ale inscripțiilor de pe suprafața sa nu a fost încă recunoscută de comunitatea științifică. Se presupune că posibilitatea descifrării inscripțiilor discului Phaistos poate apărea numai după descoperirea altor monumente ale aceleiași scrieri.
