După patru zile de căutare fără urme a activităților lui Goth, o navă neidentificată atacă Normandia și o tăie în bucăți. Majoritatea echipajului a părăsit nava, dar Joker a ignorat ordinul și a rămas în scaunul pilotului, crezând că era încă posibil salvarea navei. Shepard sa dus să salveze Joker-ul. De îndată ce a aterizat pilotul în capsula de salvare, comandantul a fost aruncat înapoi de o explozie. Ca urmare, costumul a fost deteriorat și Shepard la aruncat în spațiul deschis. În cele din urmă, izolarea costumului nu putea rezista. Shepard sa încheiat. El a murit de sufocare, care a fost adăugată la focul costumului, când a intrat în atmosferă, care a început să atragă personajul principal.
Cunoscut pentru cunoștințele sale despre tot ceea ce se întâmplă în galaxie, Mediatorul Gray la angajat pe Feron, subordonatul lui Drell, pentru a-1 obține corpul lui Shepard. În același timp, Liara T'Soni, care îl căuta pe Shepard după atacul asupra Cetății, la angajat pe Cerberus în același scop ca Mediatorul. Feron era pe cale să îndeplinească misiunea și să predea corpul comandantului către Mediatorul Gray, până când el a auzit de acordul sefului său cu colectorii. Din acest motiv, el a decis să-l ajute pe Cerberus. De îndată ce Feron și Liara primesc trupul lui Shepard, ei decid să-i dea o organizație pro-umană, mai degrabă decât să-i permită colecționarilor să o acorde ei înșiși.
Ca rezultat al lucrării lui Cerberus, proiectul Lazar Shepard a fost readus la viață, fiind o combinație de organică și sintetică. Doi ani mai târziu, Shepard își recapătă conștiința în timpul atacului asupra stației spațiale Cerberus. În timp ce se mișcă prin stație, Shepard află despre proiectul Lazar, despre munca făcută pentru ao revitaliza și despre mijloacele investite în toate acestea. În ciuda intenției de al face ca și înainte, Shepard înțelege că cel mai probabil a schimbat ceva iremediabil. De ceva timp, Duhul, conducătorul lui Cerberus, se referă la Shepard ca fiind în spate sau, în mod figurat vorbind, încă adormit.
În timp ce comandantul nu era acolo, coloniile umane au dispărut fără urmă. Din cauza inacțiunii și întârzierilor politice ale Alianței și ale Consiliului, Cerberus rămâne singura organizație capabilă să combată amenințarea. Shepard este de acord să coopereze cu Phantomul, pentru a învăța întregul adevăr. Zvonurile că Shepard a supraviețuit scroafelor. Cineva chiar a început să creadă că Shepard caută secret motivele dispariției coloniilor.
Deoarece Shepard a fost trezit înainte de finalizarea operației pentru a-l restabili, fața lui este strecurată cu cicatrici strălucitoare. Ele pot servi drept indicator. Obținerea ochelarilor Paragon face ca cicatricile să fie înguste și să dispară, în timp ce ochelarii lui Renegade lărgesc cicatricile, dezvăluie mai multe implanturi cibernetice portocalii. Ratele ridicate ale Renagata vor determina degenerarea ochilor. La început se vor reflecta ușor în iris. După atingerea ultimelor două celule ale scalei renegate, ochii vor începe să aprindă roșu marcant.
Imediat după accesarea laboratorului tehnic din Normandia, Shepard primește o scrisoare de la Dr. Chakwas, care explică faptul că gândurile pozitive vor vindeca cicatricile. De asemenea, după îmbunătățirea compartimentului medical, devine posibilă ascunderea chirurgicală a implanturilor cibernetice și accelerarea procesului de recuperare. Dacă jucătorul alege o operație, cicatricile sunt imediat vindecate, iar acțiunile lui Shepard încetează să-i afecteze aspectul. Această îmbunătățire costă 50.000 de unități de platină.
