Având în vedere astfel de angajamente privind datele științifice și oamenii de știință naționali, programele anuale de lucru sunt aprobate la sesiunile anuale ale Consiliului ICES. Doi reprezentanți (delegați) din fiecare stat membru al ICES participă la deciziile Consiliului, care garantează că instituțiile științifice din țările lor îndeplinesc gama de lucrări stabilite de Consiliu.
Pentru a desfășura o activitate comună, ICES este subdivizat din punct de vedere organizațional în "partea științifică", "partea consultativă" și secretariatul profesional care deservește Consiliul și comunitatea științifică a ICES. Secretariatul oferă condițiile de organizare a întâlnirilor experților, ajută grupurile de experți în prelucrarea și editarea documentelor, organizează o conferință științifică anuală a ICES și simpozioane științifice, asistă la pregătirea recomandărilor științifice și oferă prelucrarea datelor pentru țările participante.
Rețeaua științifică a ICES acoperă aproximativ 1600 de oameni de știință, care lucrează în 200 de organizații științifice ale statelor membre ale ICES și ale țărilor aderente. Acestea sunt combinate în mai mult de 100 de grupuri de experți, opt comisii științifice și trei comisii consultative.
Programul științific al ICES include următoarele sarcini:
- înțelegerea funcționării fizice, chimice și biologice a ecosistemelor marine;
- înțelegerea și cuantificarea efectelor umane asupra ecosistemelor marine, inclusiv a resurselor marine vii
- alegerea recomandărilor pentru dezvoltarea durabilă a industriilor "marine", în special pescuitul și maricultura.
Programul științific este fundamentul pe care se bazează recomandările ICES.
Programul consultativ al ICES este conceput pentru a elabora recomandări privind utilizarea durabilă a resurselor marine vii și protecția mediului marin. Pe baza datelor naționale și consultanță științifică primite din toate țările membre ale ICES, la evaluarea temeinic de experți realizat de experți în cadrul ICES și din afara acesteia, precum și cu privire la participarea reprezentanților organizațiilor în cauză, recomandările ICES pentru a asigura un nivel ridicat de calitate, independență și obiectivitate.
Activitatea ICES și succesele acesteia sunt strâns legate de îndeplinirea angajamentelor asumate de statele membre ale acestei organizații. Ca organizație interguvernamentală, ICES depinde aproape exclusiv de primirea datelor din țările participante și de participarea oamenilor de știință naționali la activitățile sale. În ultimii ani, a existat o scădere a competenței experților în unele dintre zonele de cercetare ICES din țările membre ICES, în timp ce cererea de consiliere științifică fiabilă privind resursele vii marine și mediul marin a crescut în mod semnificativ. Drept urmare, ICES se confruntă astăzi cu un deficit de oameni de știință specializați în domenii de cercetare selectate și este dificil să se realizeze programe ambițioase științifice și consultative pentru statele membre ICES și comisiile pentru pescuit ale clienților.